Reconocido historiador peruano, actualmente, es editor de la revista História, Ciências Saúde - Manguinhos publicado por la Casa de Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, en Rio de Janeiro y profesor a tiempo completo de historia de salud internacional en FIOCRUZ. Fue director del Instituto de Estudios Peruanos, IEP, en Lima (la mayoria de sus publicaciones versan sobre la historia médica y política del Perú y fueron publicados por el fondo editorial del IEP), durante el período 2009-2011. Marcos Cueto recibió su doctorado en historia de la Universidad de Columbia en Nueva York en 1988. Sus libros más recientes incluyen Cold War and Deadly Fevers: Malaria Eradication in Mexico, 1955-1970. (Baltimore: Johns Hopkins Univ. press, 2007) y The Value of Health: A History of the Pan American Health Organization (Rochester: The Univ. of Rochester Press, 2007 y que tiene versiones en castellano y portugués).
En febrero del 2015 apareció un libro, firmado junto al historiador Steven Palmer sobre historia de la medicina y la salud pública en América Latina y publicado por Cambridge University Press. Ha sido profesor visitante de las Universidades de Princeton, Stanford y New York y fellow del Woodrow Wilson International Center for Scholars.
Asimismo, ha sido consultor del Pan American Health Organization, la Organización Mundial de la Salud y el Banco Mundial. Sus investigaciones han recibido apoyo de la John Simon Guggenheim Memorial Foundation, el Programa Fulbright, la Fundación Rockefeller y otras instituciones. En la primavera del 2014 fue el tercer professor visitante en la cátedra Pierre du Bois en el Graduate Institute de Ginebra.